根据新政策规定，2010年1月1日起，所有代表机构都应在季度终了之日起15日内向主管税务机关据实申报缴纳企业所得税、营业税，并按照《增值税暂行条例》及其实施细则规定的纳税期限，向主管税务机关据实申报缴纳增值税。
第一，代表机构应当自领取工商登记证件（或有关部门批准）之日起30日内，持工商营业执照副本或主管部门批准文件的原件及复印件等有关资料向其所在地主管税务机关申报办理税务登记，就其归属所得依法申报缴纳企业所得税，就其应税收入依法申报缴纳营业税和增值税。
第二，无论是否享受税收协议的待遇，只要是按照有关规定设置账簿的代表机构，根据合法、有效凭证记账，能准确核算收入和成本费用，在办理纳税申报时都应该遵循新政策的时限规定，即在季度终了之日起15日内向主管税务机关据实申报缴纳企业所得税、营业税。企业所得税还应当自年度终了后5个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
增值税纳税的具体纳税期限，由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定；不能按照固定期限纳税的，可以按次纳税。以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、10日或者15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
第三，当代表机构税务登记内容发生变化或者驻地期届满、提前终止业务活动的，还应当办理变更登记或者注销登记。代表机构在办理注销登记前，应进行税收清算，就其清算所得向主管税务机关申报并依法缴纳企业所得税。
税务部门有关人士介绍，由于代表处在办理注销前需要向工商部门提供由税务、银行、海关等部门出具的税务、债务和其他有关事宜清理完结的证明，程序和手续相对复杂，所以不少代表机构驻地期限届满或提前终止业务活动前都不愿申请注销登记，从而逃避纳税和债务偿还义务。 [代表处申报纳税]
比如，深圳市工商部门曾调查发现，在当地驻地期限已经届满的2327户代表处中，主动办理了注销登记的仅有163户。税务部门提醒，此举存在多方面的处罚风险，代表机构应引起重视，主动积极地在经营行为终止或注销登记前向有关部门申请清理事项，履行法定义务。
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